Skip to main content

​
Навык: Entrez Search

entrez-search помогает искать и получать научные и биомедицинские записи через NCBI Entrez E-utilities. Он подходит для:
  • поиска статей PubMed и полнотекстовых записей PMC;
  • получения PMID, аннотаций и абстрактов;
  • поиска записей Gene, Protein, Nuccore, ClinVar, PubChem, MeSH и SNP;
  • построения медицинских запросов с MeSH, фильтрами публикаций и датами.

​
Как запускается

Внутри навыка есть скрипт:
Для свежих медицинских публикаций используйте сортировку по дате:
Если нужен период публикации, его границы вычисляются от текущей даты и конкретного вопроса. Фиксированный диапазон из старого примера нельзя повторно использовать как актуальный.

​
Секреты и идентификация NCBI

Адрес электронной почты и ключ программного интерфейса не обязательны.
  • NCBI_EMAIL можно сохранить как необязательный секрет skills.entrez-search.env.NCBI_EMAIL, только если пользователь сам решил идентифицировать крупные или повторяющиеся запросы.
  • NCBI_API_KEY можно сохранить как необязательный секрет skills.entrez-search.env.NCBI_API_KEY.
  • Если ключа нет, навык всё равно доступен, просто действует обычный лимит NCBI.
  • Адрес и ключ читаются только из защищённого окружения и не передаются в аргументах команды.
NCBI рекомендует указывать tool и email для больших или повторяющихся запросов. Скрипт по умолчанию использует tool=veles-entrez-search.

​
Основные базы

​
Медицинская стратегия поиска

Для медицинских вопросов сначала ищите более сильные типы доказательств:
  1. клинические рекомендации;
  2. систематические обзоры и мета-анализы;
  3. рандомизированные контролируемые исследования;
  4. крупные наблюдательные исследования;
  5. case reports только если другой доказательной базы мало.
Полезные фильтры PubMed:
  • systematic review[pt]
  • meta-analysis[pt]
  • randomized controlled trial[pt]
  • guideline[pt]
  • practice guideline[pt]
  • hasabstract[text]
  • english[la]
  • free full text[sb]
Для ответов пациентам нельзя выдавать одну слабую статью за клиническое руководство.

​
Ограничения

  • Без API-ключа держитесь не выше 3 запросов в секунду.
  • С API-ключом стандартный лимит выше: до 10 запросов в секунду.
  • Для больших наборов используйте EPost или history server, а не ручной перебор тысяч ID.
  • Для лекарственных инструкций и label-информации используйте профильный источник, а не Entrez.