Skip to main content

​
Навык: Entrez Search

entrez-search помогает искать и получать научные и биомедицинские записи через NCBI Entrez E-utilities. Он подходит для:
  • поиска статей PubMed и полнотекстовых записей PMC;
  • получения PMID, аннотаций и абстрактов;
  • поиска записей Gene, Protein, Nuccore, ClinVar, PubChem, MeSH и SNP;
  • построения медицинских запросов с MeSH, фильтрами публикаций и датами.

​
Как запускается

Внутри навыка есть скрипт: 
python scripts/entrez_search.py --db pubmed --term "asthma treatment" --retmax 5 --summary
Для свежих медицинских публикаций используйте сортировку по дате: 
python scripts/entrez_search.py --db pubmed --sort date --retmax 10 --summary \
  --term "(asthma[mh] OR asthma[tiab]) AND (systematic review[pt] OR meta-analysis[pt]) AND 2020:2026[dp]"

​
Секреты и идентификация NCBI

Email и API-ключ не обязательны.
  • --email или NCBI_EMAIL можно использовать, если пользователь сам указал email или запрос большой.
  • NCBI_API_KEY можно сохранить в панели «Секреты» как skills.entrez-search.env.NCBI_API_KEY.
  • Если ключа нет, навык всё равно доступен, просто действует обычный лимит NCBI.
NCBI рекомендует указывать tool и email для больших или повторяющихся запросов. Скрипт по умолчанию использует tool=veles-entrez-search.

​
Основные базы

Сценарийdb
Медицинская литератураpubmed
Полные тексты PubMed Centralpmc
Геныgene
Белкиprotein
Нуклеотидные записиnuccore
Клинические вариантыclinvar
PubChem Compoundpccompound
PubChem Substancepcsubstance
PubChem BioAssaypcassay
MeSH vocabularymesh
dbSNPsnp

​
Медицинская стратегия поиска

Для медицинских вопросов сначала ищите более сильные типы доказательств:
  1. клинические рекомендации;
  2. систематические обзоры и мета-анализы;
  3. рандомизированные контролируемые исследования;
  4. крупные наблюдательные исследования;
  5. case reports только если другой доказательной базы мало.
Полезные фильтры PubMed:
  • systematic review[pt]
  • meta-analysis[pt]
  • randomized controlled trial[pt]
  • guideline[pt]
  • practice guideline[pt]
  • hasabstract[text]
  • english[la]
  • free full text[sb]
Для ответов пациентам нельзя выдавать одну слабую статью за клиническое руководство.

​
Ограничения

  • Без API-ключа держитесь не выше 3 запросов в секунду.
  • С API-ключом стандартный лимит выше: до 10 запросов в секунду.
  • Для больших наборов используйте EPost или history server, а не ручной перебор тысяч ID.
  • Для лекарственных инструкций и label-информации используйте профильный источник, а не Entrez.