> ## Documentation Index
> Fetch the complete documentation index at: https://docs.velesagent.com/llms.txt
> Use this file to discover all available pages before exploring further.

# Навык: Entrez Search

> Поиск литературы и биомедицинских записей через NCBI Entrez E-utilities: PubMed, PMC, Gene, Protein, Nuccore, ClinVar, PubChem, MeSH и SNP.

# Навык: Entrez Search

`entrez-search` помогает искать и получать научные и биомедицинские записи через NCBI Entrez E-utilities.

Он подходит для:

* поиска статей PubMed и полнотекстовых записей PMC;
* получения PMID, аннотаций и абстрактов;
* поиска записей Gene, Protein, Nuccore, ClinVar, PubChem, MeSH и SNP;
* построения медицинских запросов с MeSH, фильтрами публикаций и датами.

***

## Как запускается

Внутри навыка есть скрипт:

```bash theme={null}
python scripts/entrez_search.py --db pubmed --term "asthma treatment" --retmax 5 --summary
```

Для свежих медицинских публикаций используйте сортировку по дате:

```bash theme={null}
python scripts/entrez_search.py --db pubmed --sort date --retmax 10 --summary \
  --term "(asthma[mh] OR asthma[tiab]) AND (systematic review[pt] OR meta-analysis[pt]) AND 2020:2026[dp]"
```

***

## Секреты и идентификация NCBI

Email и API-ключ не обязательны.

* `--email` или `NCBI_EMAIL` можно использовать, если пользователь сам указал email или запрос большой.
* `NCBI_API_KEY` можно сохранить в панели «Секреты» как `skills.entrez-search.env.NCBI_API_KEY`.
* Если ключа нет, навык всё равно доступен, просто действует обычный лимит NCBI.

NCBI рекомендует указывать `tool` и `email` для больших или повторяющихся запросов. Скрипт по умолчанию использует `tool=veles-entrez-search`.

***

## Основные базы

| Сценарий                     | db            |
| ---------------------------- | ------------- |
| Медицинская литература       | `pubmed`      |
| Полные тексты PubMed Central | `pmc`         |
| Гены                         | `gene`        |
| Белки                        | `protein`     |
| Нуклеотидные записи          | `nuccore`     |
| Клинические варианты         | `clinvar`     |
| PubChem Compound             | `pccompound`  |
| PubChem Substance            | `pcsubstance` |
| PubChem BioAssay             | `pcassay`     |
| MeSH vocabulary              | `mesh`        |
| dbSNP                        | `snp`         |

***

## Медицинская стратегия поиска

Для медицинских вопросов сначала ищите более сильные типы доказательств:

1. клинические рекомендации;
2. систематические обзоры и мета-анализы;
3. рандомизированные контролируемые исследования;
4. крупные наблюдательные исследования;
5. case reports только если другой доказательной базы мало.

Полезные фильтры PubMed:

* `systematic review[pt]`
* `meta-analysis[pt]`
* `randomized controlled trial[pt]`
* `guideline[pt]`
* `practice guideline[pt]`
* `hasabstract[text]`
* `english[la]`
* `free full text[sb]`

Для ответов пациентам нельзя выдавать одну слабую статью за клиническое руководство.

***

## Ограничения

* Без API-ключа держитесь не выше 3 запросов в секунду.
* С API-ключом стандартный лимит выше: до 10 запросов в секунду.
* Для больших наборов используйте EPost или history server, а не ручной перебор тысяч ID.
* Для лекарственных инструкций и label-информации используйте профильный источник, а не Entrez.